◎主要论文：
古代皇太后称制制度存在、延续的基本原因，《北京大学学报（哲学社会科学版）》2008年2期。
关于朱熹《答陈齐仲（书）》，《中华文史论丛》2008年2期。
戴震的理欲说应该重新评价，《邓广铭教授百年诞辰纪念论文集》，中华书局2008年。
铜钲与悬鼓，《文史》2007年第四辑。
董小宛入宫说始于何时，《北京联合大学学报（人文、社会科学版）》2007年1期。
评魏晋宋齐“儒教沦歇”及“近世取人，多由文史”说，《文史》2006年第一辑。
王荆公诗“作贼”说质疑——试探唐宋及其以前指斥诗歌剽窃的标准问题，《国学研究》第十八卷(2006年)。
关于魏晋南北朝“弃市”刑为绞刑说，《黎虎教授古稀纪念中国古代史论丛》，世界知识出版社，2006年。
《梁书·何敬容传》“宰相皆文义自逸”句考释，《国学研究》第十五卷（2005年）。
试论明代内阁制度的非宰相性质，《文史》2002年第3期
正确认识和评价八股文取士制度，《国学研究》第九卷（北京大学出版社，2001）
试论我国古代吏胥的特殊作用和官吏制衡机制，《国学研究》第五卷（北京大学出版社，1998）
《四书》传播流行的社会历史背景，《庆祝邓广铭教授九十华诞论文集》（河北教育出版社，1997）
门阀制度，白寿彝主编《中国通史》第七册（上海人民出版社，1995）
有关《史记》崇儒的几个问题，《国学研究》第二卷（北京大学出版社，1994）
陶渊明田园诗产生的历史文化背景，《北大史学》第一辑（北京大学出版社，1993）
关于我国古代的“改法为律”问题，《北京大学学报》1992年第2期
魏晋南北朝尚书左丞纠弹职掌考，《文史》第三十二辑（中华书局，1990）
都督中外诸军事及其性质、作用，《纪念陈寅恪先生诞辰百年学术论文集》（北京大学出版社，1989）
略论我国封建君主专制权力发展发展的总趋势，《北京大学学报》1988年第2期
略论东晋后期高级士族之没落和桓玄代晋之性质，《北京大学学报》1985年第3期
略论晋律的儒家化，《中国史研究》1985年第2期
略论晋律的“宽简”与“周备”，《北京大学学报》1983年第2期
高昌官府文书杂考，《敦煌吐鲁番文献研究论集》第二辑（北京大学出版社，1983）
八王之乱爆发原因初探，《北京大学学报》1980年第6期

◎著作与教材：
《材不材斋文集——祝总斌学术研究论文集》（上编：中国古代史研究；下编：中国古代政治制度研究），三秦出版社，2006年

《两汉魏晋南北朝宰相制度研究》，中国社会科学出版社，1990年（1998年再版）