抗日战争既起，朱希祖尝论“藉历史以说明国家之绵延，鼓励民族之复兴”，主张政府当开馆修史。1940年2月国民政府接受朱希祖关于筹办档案管理总库和国史馆的提议，于重庆歌乐山设立国史馆筹备委员会，并聘请朱希祖为总干事。3月，又简任他为考试院考选委员会委员。于是，朱希祖辞去中大历史系主任之职，并迁居歌乐山向家湾。后又因多病，遂辞史馆职务，专任考试院务。并从事著作，昼夜无间，而病势日剧。1944年7月5日卒，年仅66岁。

朱希祖自主持北大史学系以来，即以新史学相倡导，于南朝梁氏及南明历史，改力最久而精深。他尝游历陕西、晋北、金陵、广州以及名山大川，访求遗文旧事，并旁通目录、版本、校雠金石、考古等学。曾拟编刊史学丛考，公开发表。“九・一八”事变后，尝恨民族败类在东北、华北、南京组织伪政权，又愤于日寇沿袭金人封建张邦昌、刘豫故技，因而勾稽两宋史料，撰《伪楚录辑补》六卷、《伪齐录校补》四卷、《伪齐国志长编》十六卷，揭发敌人奸谋，揭汉奸秽迹，以昭告国人，以明学以致用之旨。

朱希祖喜收集古籍，于明清珍刻、宋季野史、南明史籍、地方志乘、抄本秘籍，无不�L求。他撰《汲冢书考》五卷、《战国史年表》八卷。这两部书实是治史的典型。他搜集古籍，尤贵地方志书，所收两广方志颇多，所载南明史料尤为可贵。朱希祖以金石考古为历史研究的辅助材料，考释《竹书纪年》，亲历南京南朝陵墓，更喜搜集古文物，有商父乙鬲、五代钱币、雕印佛经，四川、湖北出土的宋代铁钱、元明清三代银币，高丽、安南等铜币。

朱希祖之婿罗香林编有其论著目录，主要有：

《中国史学通论》，重庆独立出版社，1943年。

《六朝陵墓调查报告》，中央古物保管委员会，1935年。

《汲冢书考》，北京中华书局，1960年。

《伪楚录辑补及伪齐录校补》，重庆独立出版社，1942年。

此外，朱希祖还有很多史学考证、版本目录以及战国史、唐宋史、明史、近百年历史的论文，多未发表。

摘自傅振伦：《朱希祖传略》