本系前身可溯至1899年秋京师大学堂设立的史学堂, 是近代中国最早建立的史学教育科系。

1900年夏京师大学堂遭八国联军毁坏。1902年末，中国政府在恢复京师大学堂的章程中，规划设立史学目。

1903年改设中国史学门和万国史学门。次年夏，京师大学堂开始进行预备科和师范馆的史学教育。

1910年3月，京师大学堂分科大学（相当于四年制本科）的中国史学门开始招生。

辛亥革命后，京师大学堂1912年5月改为国立北京大学。

新文化运动中，北京大学的史学教育多方吸取近代世界新的科学理论、方法和知识，力求使学生获得广博的基础知识，打下厚实的学术功底，练就精深的专业能力。五四运动后，1919年8月，校评议会依新制将中国史学门改称史学系。

1937年7月，北京大学史学系的建设被日本全面侵华战争所打断。部分师生随校内迁，与清华大学、南开大学的相关科系合组为国立西南联合大学的历史社会学系。

抗战胜利后，北大史学系1946年随校北上复原。

1949年初，北平和平解放，北京大学进入新的发展时期。

1952年全国高等学校进行院系调整时，由于清华大学历史系和燕京大学历史系一部分骨干教师的汇入，北京大学历史学系的师资阵容进一步壮大，在国内外的学术地位益发突出。

随着形势的发展，考古专业1983年从本系分出，独立成系。